Cikal Bakal Keberadaan Madrasah Tsanawiyah Negeri Bangkalan Saat Ini Adalah Berasal Dari Suatu Lembaga Pendidikan Yang Dikelola Oleh Jamíyah Nahdlatul Ulama’Kabupaten Bangkalan. Saat Itu ± 1967 Jamíyah Nahdlatul Ulama’Kabupaten Bangkalan Melalui Lembaga Pendidikan Maárifnya Mendirikan Lembaga Pendidikan Yang Diberi Nama Pendidikan Guru Agama Nahdlatul Ulama’yang Disingkat PGANU.

Tujuan Berdirinya PGANU Adalah Membantu Para Siswa Yang Memiliki Kemauan Menekuni Ilmu Pendidikan Agama Islam. Lama Belajarnya 6 Tahun, Yakni Dari Kelas I Sampai Dengan Kelas VI , Tenaga Pengajarnyapun Diambil Dari Tenaga-Tenaga Yang Profesional Dibidangnya Baik Mata Pelajaran Agama Maupun Mata Pelajaran Umum.

Dalam Perkembangannya PGANU Ini Berubah Dari Pengelolaan Swasta Menjadi Negeri, Maka Menjadilah PGAN 6 Tahun. Pada PGAN 6 Tahun Saat Itu Dapat Diterbitkan 2 Ijazah. Bagi Siswa Yang Tamat Sampai Kelas IV Dapat Diberikan Ijazah PGAN 4 Tahun Dan Dapat Melanjutkan Kelembaga Pendidikan Lain Setara Dengan SMA. Sementara Bagi Yang Menamatkan Sampai 6 Tahun Diterbitkan Ijazah PGAN 6 Tahun Serta Dapat Langsung Ke Perguruan Tinggi.

D Namun Pada Tahun 1979 Keberadaan PGAN 6 Tahun Itu Tidak Dapat Dipertahankan Lagi, Sejak Dikeluarkan Surat Keputusan Menteri Agama No. 80 Tahun 1979, PGAN Berubah Menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri Selama 3 Tahun Dan Disingkat Menjadi MTsN Dan Madrasah Aliyah Negeri Selama 3 Tahun Yang Disingkat MAN.